哈利波特和他的两位好友──荣恩与妙丽，在霍格华兹魔法与巫术学院，要迈入第三个学年了，这几个青少年被迫面对内心最大的恐惧，要应付一个危险的逃犯，还有原本是要保护他的一群催狂魔。　　十三岁的哈利波特，心不甘、情不愿地和德思礼一家人，又一起住了一个暑假，过著安分守己的无聊生活，而且还不能使用任何魔法，直到最后，威农姨丈那个傲慢又霸道的姊姊玛姬姑姑来访。玛姬姑姑一直都对哈利很坏，这次还把他逼到了极限，结果他不小心让她充气成一个巨大的气球，就这样飞走了。哈利害怕会受到姨妈和姨丈的惩罚，也担心霍格华兹魔法与巫术学院会听到风声，因为他们禁止学生在麻瓜世界里施用魔咒，所以他可能会受到处分，于是他就趁著晚上逃跑了。　　骑士公车马上就来把他接走了，这是一辆紫色的三层公车，迅速地送他去破釜酒吧。哈利一到破釜酒吧，就看到魔法部部长康尼留斯夫子在等著他，可是夫子莫名奇妙地居然没有处罚他，反而坚持要他留在破釜酒吧过夜，隔天再去霍格华兹。　　原来夫子没有开除哈利，是因为有一个危险又神秘的魔法师天狼星布莱克，逃出了阿兹卡班监狱，据说他在寻找哈利的下落；谣传当初就是布莱克，引领佛地魔找上哈利的父母，最后害死了他们，甚至还想杀死哈利，因此他唯一安全的避难所，就是霍格华兹了。　　然而更糟糕的是，霍格华兹还要接待可怕的阿兹卡班守卫催狂魔，他们要保护哈利和学校，远离布莱克的威胁。他们会吸取猎物的灵魂，很不幸的是他们受到哈利所吸引，让哈利觉得毛骨悚然，而且又茫然无助，直到新来的黑魔法防御术老师路平教授，训练哈利使用疾疾，护法现身的咒语，抵御催狂魔让对手全身麻痹的魔法。　　此外，哈利在霍格华兹的第三年，还加入了几个新角色：鹰头马身的魔法怪物巴克比，又被称之为鹰马；只要看到了狗灵，代表著阴森骇人的死神即将出现的预兆；还有惊险刺激的冒险，包括密访魔法村庄活米村，揭开隐藏在劫盗地图里的秘密，还有尖叫屋的恐怖之旅，也就是全英国闹鬼最严重的建筑物。在途中，哈利想搞清楚，妙丽在荣恩和巨人海格的协助之下，是怎么神奇地来无影、去无踪；这一集故事中的海格，已经当上了霍格华兹的照顾魔法动物老师。　　哈利和神秘逃犯天狼星布莱克，看来是免不了要正面交锋了，不过路平教授和布莱克之间，到底有什么关系？石内卜教授这么迫不及待，是想要揭开什么黑暗的秘密？荣恩的宠物老鼠斑斑，为什么会发了疯似地从他的手里逃脱？哈利需要最大的勇气、魔法和协助，...