穆德失踪后，史考莉返回FBI总部请约翰·道吉特探员帮忙寻找她的搭档，但无任何结果。于是，她与史基勒一起找到了孤枪侠，希望能够发现穆德失踪时UFO的活动情况以从中找到线索。经过一番调查，他们发现了一个名叫吉布森·佩雷茨的人，但此人身边那个酷似穆德的家伙实际上只是境外的一个赏金猎手。鉴于无法找到穆德，FBI决定让道吉特探员正式接手X档案，而此时的史考莉在与穆德共事多年后也已相信X档案中一系列“灵异事件”的真实性，于是她开始了与一个新的“怀疑论”者——约翰·道吉特的合作之旅……