出现了超级战士(实际上就是外星人)、宇宙飞船，而外星人侵略地球的阴谋随着逼近大结局而越来越明显。大结局第20集《真相》The Truth里，穆德又回来了，但是他却被关进了监狱，他被控以谋杀，并要接受审判。但是穆德否认指控，他接受审判时，探员约翰-道吉特也站出来证明穆德没罪，而史考莉也出示尸体检验报告来证明穆德的清白，但是这一切并没能为穆德摆脱罪名，穆德被再次被关进了监狱。约翰-道吉特和史基纳等人来到了监狱营救穆德，与此同时超级战士也来了，但是穆德他们早一步逃出了监狱。史考莉和儿子来接应穆德一行人，接着穆德和史考莉两人一起开车去找寻真相，证明外星人的阴谋。穆德和史考莉在途中遇到了一位印第安老人，老人向他们证实了外星人的存在，但是超级战士也追寻他们而来，老人死了，穆德和史考莉又要继续亡命天涯......他们能否阻止外星人的阴谋？穆德能否证明自己的清白？相信各位影迷应该会猜到结果了。

　　制作人卡特对于大结局的说法是，在整部剧集结束之前，他会为剧中人物安排一个令观众能够接受的大结局，至于地球最终是否会被外星人所占领，外星人的阴谋会否得逞，卡特则表示："这是一个非常敏感的话题，我们仍将采取《X档案》固有的演绎方式向观众做个交待。"

　　时至今日，播了九季的《X档案》只能匆匆结束了，虽然未必是大家所希望的结局，但至少保住了这个黄金剧组的颜面，不至于太过落寞，也算画下了一个完美的句号，而我们也要告别《X档案》了……