自杀！？当然不可能啦。经过一暑假漫长的等待，原来穆德和史卡利串通好来骗癌人等人，以等待及发现新证据。本季发展越来越精彩，史卡利被绑架时子宫被移除，但今年却出现了她的小孩–艾蜜莉。今年制作小组甚至找了两位知名科幻小说家操笔，客串写出两集剧本。另外今年也有一集喜剧。整出X档案为了配合电影的上映，加入了一些角色及内容，癌人的集团阴谋越来越明显，穆德再一次接近事实的真相。穆德前女友的出现也对穆德与史卡利间的关系做出重大考验。今年结束於癌人烧毁了X档案位於地下室的办公室。